Sigma vstupovala do ligy s cílem zopakovat výkony z jarní části předchozí sezony, doma hrát útočněji a hlavně se podívat co nejdál v poháru UEFA (Hanákům byl nalosován moldavský Šerif Tiraspol). Činovníci klubu si před sebe postavili ještě další úkol – postavit tribunu za severní brankou.
Přes léto došlo k obvyklým změnám kádru. Štefka odešel na hostování do Opavy, Cupák do Drnovic. Náhradou za něj přišel Nečas, který se ale nějak výrazněji neprosadil. Hapal se vrátil do Tenerife. Z dvojice brankářů zůstal Skácel, Pižanowski odešel hostovat do Jablonce. Náhradníka dělal Bureš (z LeRKu Prostějov). Do áčka se podíval mladý David Kobylík. Výměnou za Duhana přišel z Karviné David Kotrys. Sigma ovšem potřebovala posílit především útok. Navíc byl v prvním utkání vyloučen Heinz a dostal stop na 4 zápasy. Na domácí střetnutí s Bohemians tak byla připravena nová posila, nejlepší střelec loňského ročníku slovenské ligy, Martin Fabuš.
Generálka na pohár ale fotbalistům nevyšla, s Klokany jen remizovali. Poté odletěli na východ do obrovského vedra, kde s Tiraspolem vydřeli remízu 1:1.
Další ligový zápas, derby s Baníkem, poznamenala nepříjemná událost. Na nádraží v Ostravě-Svinově zasáhl kámen (hozený z klubka ostravských fanoušků na vlak, ve kterém seděli příznivci Sigmy) mladou žena a způsobil jí vážné poranění oka.
Hanáci v prvních zápasech předváděli pohledný fotbal a když se zrovna nedařilo, dokázali ho nahradit snahou a poctivou prací. O některá výhry přišli smolně až v závěrech utkání. Naopak až na poslední chvíli zachraňovali remízu s Hradcem Králové.
Poté sice postoupili přes moldavský klub dál v poháru UEFA, ovšem v odvetě herně nijak nenadchli. Náladu všem měly spravit dva duely s Realem Mallorca, posledním finalistou PVP.
Sigma dokázala vyhrát až osmý ligový zápas (navíc v prvních sedmi zápasech dala jen čtyři góly!) a vyrovnala tak svůj vlastní nelichotivý rekord, kdy hned ve své první sezoně nedokázala vyhrát sedm utkání v řadě. Navíc se k tomu přidaly problémy se Skácelem, který už nechtěl chytat za Olomouc a hledal všemožné cesty, jak se z Hané dostat. Proto byl přeřazen do béčka.
I kvůli tomu byl do týmu přijat další gólman, Havel, který chytal pohár proti Mallorce. Jenže ani on nepomohl týmu přejít přes španělského soupeře a Sigma první zápas prohrála 1:3. Domácí utkání sledovalo ostudných 4000 lidí, za což však částečně mohla i výše vstupného a fakt, že zápas vysílala jedna z televizních stanic. Odvetná remíza 0:0 už nic neřešila a Sigma se s pohárem pro tento rok rozloučila.
Pro trenéra Matušku se stal zlomovým zápasem duel s Drnovicemi. Bureš, jindy podávající vynikající výkony, tým tentokrát nepodržel. Navíc Sigma dostala gól od Cupáka, jenž sem v létě z olomouckého klubu odešel.
Po tragickém výkonu byl kouč odvolán a nahrazen Žemlíkem. Ten si s sebou z Opavy přivedl Hendrycha. Trochu oslavovat mohl snad jen Machala, který nastoupil ke 150. utkání v řadě (tato úctyhodná série začala už v sezoně 94-95).
Za celý podzim vyhrála doma Sigma jen s Opavou, ve 14. kole si přivezla šestigólový výprask z Letné a trenér nahlas mluvil o ukončení fotbalové éry některých hráčů. Po polovině sezóny byla Sigma na 14. místě tabulky jen bod před posledními týmy ze Žižkova a Hradce Králové a mluvilo se o výrazných změnách. Nakonec se ale nikdo, kdo v zimě přišel, neukázal být velkou posilou. Snad s výjimkou Zbožínka, který by vyměněn ze Žižkova za Pižanowského.
Cílem pro jaro se stala záchrana ligové soutěže – nic víc, nic míň. Když Hanáci první dvě utkání své soupeře přehráli a nastříleli sedm branek, zdálo se, že je Sigma z nejhoršího venku.
Jenže chyba lávky. Ani do sestavy se vrátivší (po roce a půl) König nezmohl nic s proměňováním šancí v Blšanech, kde měla Sigma bodovat. A když navíc před jednou z největších domácích návštěv Olomouc neporazila Slavii, přikryla opět Andrův stadion těžká záchranářská deka (pozn. zachraňoval se i „B“ tým, jemuž pomáhali i někteří hráči základního ligového kádru).
Během jara podepsala dlouholetá opora Kotůlek novou smlouvu v Brně (byl na Hané 12 let) a mladý Heinz se upsal HSV Hamburk, kam po skončení soutěže přestoupil. Naopak do Sigmy stihl přijít na konci přestupního termínu Luděk Zdráhal (z Bohemians Praha).
Před zápasem se Žižkovem nastoupil Machala ke svému 400. startu v nejvyšší soutěži (jako sedmý hráč v historii), což bylo ale z hezkých fotbalových chvil vše. Po semifinálovém vyřazení z poháru (prohra s Libercem 0:2) a porážce v Teplicích byl odvolán trenér Žemlík. Ligu tak domácí remízou se Spartou zachránil dosavadní asistent Leoš Kalvoda.
Ale i v posledním kole bylo o co hrát – Sigma byla stejně jako soupeř z Budějovic přihlášena do Intertoto cupu, kam se díky výhře nad Jihočechy dostala. Alespoň nějaké poháry tak Sigmě, letošnímu remízovému králi, zůstaly i pro příští rok.
