Sigma nastoupila do jednoho ze svých nejpodařenějších ročníků bez několika opor základní sestavy. Kouč Uličný, který v Sigmě začínal svou první kompletní sezónu, postrádal hlavně duo Kováč (Sparta), Rozehnal (Bruggy). Nejvýraznějším posílením měl být ofenzivní Peter Babnič, hrající za Spartu a poslední půlrok hostující ve Zlíně.
Sigma začala sezónu na výbornou, po dvou kolech měla plný počet bodů a dělila se se Slavií o první místo. Narazila až s Teplicemi. Byla to jedna z pouhých dvou domácích proher v ročníku (ve 28. kole si vítězství z Androva stadionu odvezl Baník). Jinak ale většinou s tradičně silnými soupeři neprohrávala.
Venku se Sigmě až tak moc nedařilo, vyhrála jen v Jablonci, Plzni, Opavě, na Žižkově a v Brně. Nedokázala tak například jako první dobýt zrekonstruovaný stánek hradišťského Synotu.
Potěšit fanoušky naopak mohla výhra nad Slavií (2:0), první od dubna 1998. V posledním podzimním kole si ale zraněními zdecimovaná Sigma nedokázala poradit se Zlínem, který držel šestnáctizápasovou neporazitelnost, poprvé v sezóně nevstřelila ani gól a přezimovala na třetím místě.
„Špatný výkon jsme podali při jediné domácí porážce s Teplicemi a dobře jsme nehráli ani v posledním prohraném utkání ve Zlíně. Za ostatní zápasy musím kluky pochválit, i když pokaždé na body nedosáhli,“ okomentoval podzimní část ligy trenér Uličný.
Byly tu i další klady – hráči vstřelili 29 branek (druhý nejvyšší počet po Ostravě), Reiter se trefil šest zápasů v řadě, což před ním nikdo v dresu Sigmy nedokázal, brankář Vaniak vychytal šestkrát nulu a pochlubit se Sigma mohla i třetí nějvyšší návštěvností domácích zápasů v lize. K dalším úspěchům celého klubu patřilo vybudování fotbalového hřiště s umělým povrchem, první svého druhu v celém kraji. Drobnou kaňkou byla jen prohra s Uničovem ve třetím kole domácího poháru.
Cíl pro jarní část byl tedy jasný. Dál předvádět atraktivní hru, přilákat pokud možno ještě více fanoušků a udržet pohárové pozice. K tomu měla pomoci i nová posila, hradecký ofenzivní záložník Tomáš Bouška. Velkým oslabením pro útočné snažení týmu byl naopak odchod Stanislava Vlčka do Dynama Moskva (do Ruska později zamířil i Aleš Urbánek). Už v průběhu podzimu odešel do Drnovic útočník Tuma a na hostování do Mladé Boleslavi Rojka.
Duu Babnič-Reiter však zvlhl střelecký prach. Zatímco na podzim se postarali o 16 gólů z celkových 29, na začátku jarní části oni ani nikdo jiný ze spoluhráčů nedokázali vsítit soupeři branku (nepočítaje vlastní gól Žemlíka v souboji s Příbramí). Chuť si spravili až v duelu s Opavou, kdy zápas rozhodli vstřelením dvou branek v rozmezí dvou minut Vyskočil a Zbožínek. Skončila však zároveň i série gólmana Vaniaka, který nedostal 428 minut gól. Poprvé se na jaře za Sigmu trefili Glos a Michal Hubník, stoper Kučera v zápase s Blšany zaokrouhlil počet svých ligových gólů na dvacet.
Vzhledem k tomu, že první jarní porážka přišla až ve 27. kole se Slavií, pohybovala se Sigma několik kol na druhé příčce a fanoušci tajně koketovali s myšlenkou, že by umístění mohlo být ještě lepší.
Definitivní rozuzlení přinesl vzájemný zápas Olomouce s Ostravou. Baník, který ještě nikdy v samostatné české lize na Hané nezvítězil, vyhrál gólem Bolfa a titul oslavil s početným davem fanoušků přímo na Andrově stadionu. Pro Sigmu to znamenalo konečné třetí místo.
Celou sezonu se mohl olomoucký klub opírat o skvělou defenzivu dirigovanou Radimem Kučerou. I proto mohl Martin Vaniak alias Čaroděj po posledním domácím zápase s Plzní oslavit svou stou vychytanou nulu v kariéře a zápis do elitního Klubu ligových brankářů.
A aby úspěchů nebylo málo, slovák Reiter byl vyhlášen nejlepším cizincem fotbalové ligy a skončil s patnácti trefami druhý mezi kanonýry za ostravským Heinzem.
